أمر المرحوم صاحب الجواهر في أيامه الأخيرة بعقد اجتماع يضم جميع علماء النجف من الطراز الأول.. وعقد المجلس المذكور بحضور صاحب الجواهر ، إلا أن الشيخ الأنصاري لم يكن موجوداً.
قال صاحب الجواهر : أحضروا الشيخ مرتضى أيضاً (الأنصاري)، وبعد البحث عنه كثيراً وجدوا الشيخ في زاوية من حرم أمير المؤمنين (ع) متوجهاً نحو القبلة يدعو لصاحب الجواهر بالشفاء.. وبعد الدعاء أخبروه بالأمر فمضى للإشتراك في ذلك المجلس.
اجلس صاحب الجواهر الشيخ بجوار فراشه، وأخذ يده ووضعها على قلبه قال: (الآن طاب لي الموت) ثم قال للحاضرين: ( هذا مرجعكم من بعدي) ثم توجه إلى الشيخ الأنصاري وقال له: ( قلل من احتياطك فإن الشريعة سمحة سهلة) ، وانتهى المجلس ولم يلبث صاحب الجواهر أن التحق بالرفيق الأعلى، وجاء دور الشيخ مرتضى في تولي قيادة الأمة، ولكنه بالرغم من أن أربعمائة مجتهد مسلم باجتهادهم اعترفوا بأعلميته. [علماي معاصرين 61 نقلاً عن زندكَاني شيخ أنصاري].. امتنع عن الإفتاء وقبول المرجعية، وكتب رسالة إلى (سعيد العلماء) المتوفى حوالي 1270هـ - الذي كان آنذاك في إيران، وكان الشيخ زميله في الدراسة في كربلاء، وكان يرى أنه أعلم منه-.
كتب إليه رسالة بهذا المضمون: عندما كنت في كربلاء، وكنا ندرس معاً على (شريف العلماء) كنتَ أكثر مني فهماً واستيعاباً، والآن ينبغي أن تأتي إلى النجف وتقوم بأعباء هذا الأمر، فكتب إليه (سعيد العلماء) في الجواب بما حاصله: لقد بقيت أنت خلال المدة الماضية في الحوزة مشتغلاً بالتدريس والمباحثة، وبينما انشغلت أنا بأمور الناس، ولذا فأنت أحق مني بهذا الأمر..
وبعد وصول الجواب، تشرف الأنصاري بزيارة حرم أمير المؤمنين (ع) ، وطلب من ذلك الإمام العظيم أن يعينه بإذن الله تعالى في هذا الأمر الخطير ويسدده.
