لم يذكر في القرآن كيف توفي زكريا عليه السلام ، وكيفية ارتحاله ، ولكن وردت اخبار متكاثرة من طريق العامة والخاصة ، ان قومه قتلوه ، وذلك ان اعداءه قصدوه ليقتلوه فهرب منهم والتجأ الى شجرة فانفرجت له فدخل جوفها ثم التامت ، فدلهم الشيطان عليه وامرهم ان ينشروا الشجرة بالمنشار ، ففعلوا وقطعوه نصفين ، فقتل عليه السلام عند ذلك ، ثم بعث الله عزوجل الملائكة فغسلوا زكريا وصلوا عليه ودفنوه.